| MirGeneDB ID | Xla-Mir-24-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-24a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-24-P2d Xla-Mir-24-P3c Xla-Mir-24-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P2 Ami-Mir-24-P2 Bta-Mir-24-P2 Cfa-Mir-24-P2 Cja-Mir-24-P2 Cmi-Mir-24-P2 Cpi-Mir-24-P2 Cpo-Mir-24-P2 Dno-Mir-24-P2 Eca-Mir-24-P2 Ete-Mir-24-P2 Gga-Mir-24-P2 Hsa-Mir-24-P2 Laf-Mir-24-P2 Lch-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P2 Mdo-Mir-24-P2 Mml-Mir-24-P2 Mmr-Mir-24-P2 Mmu-Mir-24-P2 Mun-Mir-24-P2 Neu-Mir-24-P2 Oan-Mir-24-P2 Ocu-Mir-24-P2 Pab-Mir-24-P2 Pbv-Mir-24-P2 Rno-Mir-24-P2 Sha-Mir-24-P2 Spt-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P2 Tgu-Mir-24-P2 Xtr-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030724.1: 133829567-133829625 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P2c) |
Mir-23-P2c
NC_030724.1: 133828882-133828941 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2c NC_030724.1: 133829110-133829172 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2c NC_030724.1: 133829567-133829625 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCUACACAUGUGAUGGACCUGUCCUCUUGUGCCUACUGAACUGAUAUCAGUUCUAUUUCAUACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUUGGGCCCUUGAGCAAAGCACUGGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCUACACAUGUGAUGGA---| UC G A UA UCUAU CCUG CUCUUGU CCU CUGAACUGA UCAGU U GGGU GAGGACA GGA GACUUGACU GGUCA U AACGGUCACGAAACGAGUUCCC^ U- A C C- CAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-24-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAACUGAUAUCAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-24-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -59
Get sequence
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