| MirGeneDB ID | Xla-Mir-24-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-24-P2c Xla-Mir-24-P2d Xla-Mir-24-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P3 Ami-Mir-24-P3 Bta-Mir-24-P3 Cfa-Mir-24-P3 Cja-Mir-24-P3 Cmi-Mir-24-P3 Cpi-Mir-24-P3 Cpo-Mir-24-P3 Dno-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P3 Eca-Mir-24-P3 Ete-Mir-24-P3 Gga-Mir-24-P3 Gja-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P3 Hsa-Mir-24-P3 Laf-Mir-24-P3 Lch-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P3 Mdo-Mir-24-P3 Mml-Mir-24-P3 Mmr-Mir-24-P3 Mmu-Mir-24-P3 Neu-Mir-24-P3 Oan-Mir-24-P3 Ocu-Mir-24-P3 Pab-Mir-24-P3 Pbv-Mir-24-P3 Rno-Mir-24-P3 Sha-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P3 Tgu-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P3 Xtr-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NW_016694811.1: 2508830-2508890 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P3d) |
Mir-23-P3d
NW_016694811.1: 2508063-2508127 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3d NW_016694811.1: 2508699-2508760 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3d NW_016694811.1: 2508830-2508890 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUAAUGUCGCCGACUGGCUCCACCUCCUGUACCUACUGGGCUGAUAAUCAGUUGUUAUGUCUUCCCCUGGCUCAGUUCAGCAGGACAGGAGUUGCAGCCGAGUAUCUGCCAACCGACCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUAAUGUCGCCGACU---| C C A A UAA UUGUUAU GGCU CA CUCCUGU CCU CUGGGCUGA UCAG \ CCGA GU GAGGACA GGA GACUUGACU GGUC G CCCAGCCAACCGUCUAUGAG^ C U - C C-- CCCUUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-24-P3d_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUACCUACUGGGCUGAUAAUCAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-24-P3d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGCUCAGUUCAGCAGGACAGG -61
Get sequence
|
