| MirGeneDB ID | Dno-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-24a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P2 Ami-Mir-24-P2 Bta-Mir-24-P2 Cfa-Mir-24-P2 Cja-Mir-24-P2 Cmi-Mir-24-P2 Cpi-Mir-24-P2 Cpo-Mir-24-P2 Dre-Mir-24-P2a Dre-Mir-24-P2b Eca-Mir-24-P2 Ete-Mir-24-P2 Gga-Mir-24-P2 Gmo-Mir-24-P2b Hsa-Mir-24-P2 Laf-Mir-24-P2 Lch-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P2 Mdo-Mir-24-P2 Mml-Mir-24-P2 Mmr-Mir-24-P2 Mmu-Mir-24-P2 Mun-Mir-24-P2 Neu-Mir-24-P2 Oan-Mir-24-P2 Ocu-Mir-24-P2 Pab-Mir-24-P2 Pbv-Mir-24-P2 Rno-Mir-24-P2 Sha-Mir-24-P2 Spt-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P2 Tgu-Mir-24-P2 Tni-Mir-24-P2b Xla-Mir-24-P2c Xla-Mir-24-P2d Xtr-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH570415: 2090841-2090900 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P2) |
Mir-23-P2
JH570415: 2090017-2090076 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 JH570415: 2090250-2090312 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 JH570415: 2090841-2090900 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCGGGCUGUCGAUUGGACCCGUCCUCCGGUGCCUACUGAGCUGAUAUCAGUUCUCAUUUCACACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUCGAGCCCUAGAGCAAAAAGACUUCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCGGGCUGUCGAUUGGACC---| UC G G A UA UCUCAU CG CUCC GU CCU CUGAGCUGA UCAGU \ GC GAGG CA GGA GACUUGACU GGUCA U CCCUUCAGAAAAACGAGAUCCCGA^ U- A A C C- CACACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although not well supported by deep read data all taxa sequenced in this study show the same read pattern and better and DcRNAe deeply sequenced vertebrate taxa are all clearly Group 2 miRNAs suggesting that this too is likely a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-24-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUAUCAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-24-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
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