| MirGeneDB ID | Sha-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1c Sha-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2c-v1 Sha-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867596.1: 499969-500031 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c-v2) |
Mir-15-P2c-v2
GL867596.1: 499969-500031 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c-v1 GL867596.1: 499970-500030 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c GL867596.1: 500176-500233 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-15-P2c-v2 |
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| Seed | UAGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCUCGAGCGACCCUCCGCUCAGCUGUGCCCUAGCAGCACGUCAAAACUGGAGUCAUCUACCUAAAUCCUCCAGUAUUGCCUUGCUGCUUGAGUGAAGUAGGAGCCUAAUUCAUUUCUCUACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCUCGAGCGACCCUCC- A-| G CCU CGU A GUCAUCUA GCUC GCU UGC AGCAGCA CAA ACUGGA \ CGAG UGA GUG UCGUCGU GUU UGACCU C CCAUCUCUUUACUUAAUC GA^ A AGU UCC A CCUAAAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-15-P2c-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAGCAGCACGUCAAAACUGGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-15-P2c-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUAUUGCCUUGCUGCUUGAG -63
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-15-P2c-v1 |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCGAGCGACCCUCCGCUCAGCUGUGCCCUAGCAGCACGUCAAAACUGGAGUCAUCUACCUAAAUCCUCCAGUAUUGCCUUGCUGCUUGAGUGAAGUAGGAGCCUAAUUCAUUUCUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUCGAGCGACCCUCCG- A-| G CCU CGU A UCAUCUA CUC GCU UGC AGCAGCA CAA ACUGGAG \ GAG UGA GUG UCGUCGU GUU UGACCUC C CAUCUCUUUACUUAAUCC GA^ A AGU UCC A CUAAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-15-P2c-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUCAAAACUGGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-15-P2c-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCAGUAUUGCCUUGCUGCUUGA -61
Get sequence
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