| MirGeneDB ID | Pab-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 140567917-140567979 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-450-P3
CM054702.2: 140561771-140561828 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM054702.2: 140561930-140561986 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM054702.2: 140562101-140562158 [-] UCSC Ensembl Mir-542 CM054702.2: 140562939-140562997 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM054702.2: 140567917-140567979 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM054702.2: 140568229-140568287 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACGCGGUGCCCGCGCUCAGCCGUGCCCUAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAGUGAGCGAUUGGUGCUCUGGAGUAUUGUUUCCGCUGCCAGGGUAAGUCUGGGACUGCCGUUCGGGCCUACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACGCGGUGCCCGCG--| CCG A U G UGAGCGA CUCAG UGCCCU GCAGCGGGAACAGU CU CAG \ GGGUC AUGGGA CGUCGCCUUUGUUA GA GUC U CCAUCCGGGCUUGCCGUCA^ UGA C U G UCGUGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-15-P2c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-15-P2c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GGAGUAUUGUUUCCGCUGCCAGG -63
Get sequence
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