| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-16c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-15-P1a Xtr-Mir-15-P1b Xtr-Mir-15-P1c Xtr-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 47366675-47366740 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-15-P2c
chr8: 47366675-47366740 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1c chr8: 47368668-47368725 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUACAUGUGUUCUAGCAAUCUUGCUUUAGCAGCACGUAAAUACUGGAGUUCAUGACCAUAUCUGCACUCUCCAGUAUUACUUUGCUGCUAUAUUAAGAUUGCCAUAAGUUGCACAAGGAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUUACAUGUGUUCUA-- CUU C-| A UUCAUGACC GCAAUCUUG UAGCAGCA GUAA UACUGGAG A CGUUAGAAU AUCGUCGU CAUU AUGACCUC U UAAAGGAACACGUUGAAUAC UAU UU^ - UCACGUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-15-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUACUGGAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-16c |
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| Star sequence | Xtr-Mir-15-P2c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CCAGUAUUACUUUGCUGCUAUA -66
Get sequence
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