| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-15-P1a Xtr-Mir-15-P1c Xtr-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2b Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 103362208-103362267 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P2b
chr5: 103362049-103362108 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b chr5: 103362208-103362267 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAACUGUUCCUGAAUGUCCUAAAGAAGUGUAGCAGCACAUCAUGAUUUGCAUGCUGUAUUAUAGAUUCUAAUCAUUUUUUGCUGCUUCAUGAUAUUGGGAAAAAUCUUUUGCCUUGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAACUGUUCCUGAAUG--| AGAA U CAUC UGCAUGCUGU UCCUAA GUG AGCAGCA AUGAUU A AGGGUU UAC UCGUCGU UACUAA U CGUGUUCCGUUUUCUAAAA^ AUAG U UUUU UCUUAGAUAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-15-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGAUUUGCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-15b |
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| Star sequence | Xtr-Mir-15-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUAAUCAUUUUUUGCUGCUUCA -60
Get sequence
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