| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-15a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-15-P1b Xtr-Mir-15-P1c Xtr-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2b Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Bta-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Eca-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Gmo-Mir-15-P1a2 Hsa-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mal-Mir-15-P1a2 Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Neu-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Tni-Mir-15-P1a2 Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 146575536-146575594 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a) |
Mir-15-P2a
chr2: 146575403-146575458 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1a chr2: 146575536-146575594 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGGUGGUUAAAAUGACCUUGACGUAAAGUAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGGUUACACAGAGGUGCAGGCCAUACUGUGCUGCCGCCAAAACACAAGGCUUUCCUCCUCUCAAGUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGGUGGUUAAAAUGA--| ACGUAAA UA UA GGGUUAC CCUUG G GCAGCACA AUGGUUUGU \ GGAAC C CGUCGUGU UACCGGACG A GGUGAACUCUCCUCCUUUC^ ACAAAAC GC CA UGGAGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-15-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-15a |
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| Star sequence | Xtr-Mir-15-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGGCCAUACUGUGCUGCCGCC -59
Get sequence
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