| MirGeneDB ID | Dre-Mir-15-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-15a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-15-P1a2 Dre-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P2a1 Dre-Mir-15-P2a2 Dre-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2c-v1 Dre-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Bta-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Eca-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Hsa-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Neu-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr1: 46722633-46722692 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a1) |
Mir-15-P2a1
chr1: 46722416-46722480 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1a1 chr1: 46722633-46722692 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGCUCUGUGCGGGGCCUGUCGGUACUGUAGCAGCACAGAAUGGUUUGUGAGUUAUAACGGGGGUGCAGGCCGUACUGUGCUGCGGCAACAACGACAGGACAGACGCGCACUUCCCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCGCUCUGUGCGGGG--| GUAC A A GAGUUAU CCUGUCG UGU GCAGCACAG AUGGUUUGU A GGACAGC ACG CGUCGUGUC UGCCGGACG A UACCCUUCACGCGCAGACA^ AACA G A UGGGGGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-15-P1a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAGAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-15a |
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| Star sequence | Dre-Mir-15-P1a1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGGCCGUACUGUGCUGCGGCA -60
Get sequence
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