| MirGeneDB ID | Dre-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-457b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Dre-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P2a1 Dre-Mir-15-P2a2 Dre-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 31521938-31521997 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c-v1) |
Mir-15-P2c-v1
chr14: 31521938-31521997 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c-v2 chr14: 31521939-31521996 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-15-P2c-v1 |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGCAGCAGAUCUGAAGGGAAUGUACUAAAGCAGCACAUAAAUACUGGAGGUGAUUGUGGUGUUAUCCAGUAUUGCUGUUCUGCUGUAGUAAGACCUGUCAGCACUUACAGACUCCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGCAGCAGAUCUGA----| GAAUG A C UA GGUGAUU AGG UACUA AGCAG ACA AAUACUGGA G UCC AUGAU UCGUC UGU UUAUGACCU U AACCUCAGACAUUCACGACUG^ AGA-- G U CG AUUGUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-15-P2c-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCAGCACAUAAAUACUGGAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-457b |
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| Star sequence | Dre-Mir-15-P2c-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0032004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCAGUAUUGCUGUUCUGCUGUA -60
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-15-P2c-v2 |
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| Seed | CCAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGCAGCAGAUCUGAAGGGAAUGUACUAAAGCAGCACAUAAAUACUGGAGGUGAUUGUGGUGUUAUCCAGUAUUGCUGUUCUGCUGUAGUAAGACCUGUCAGCACUUACAGACUCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGCAGCAGAUCUGAA---| AAUG A C UA GGUGAUU GGG UACUA AGCAG ACA AAUACUGGA G UCC AUGAU UCGUC UGU UUAUGACCU U ACCUCAGACAUUCACGACUG^ AGA- G U CG AUUGUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-15-P2c-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAGCACAUAAAUACUGGAGG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-457b |
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| Mature sequence | Dre-Mir-15-P2c-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0032004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCCAGUAUUGCUGUUCUGCUGU -58
Get sequence
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