| MirGeneDB ID | Xla-Mir-15-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xla-Mir-15-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 47316144-47316209 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c1) |
Mir-15-P2c1
NC_030738.1: 47316144-47316209 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1c1 NC_030738.1: 47317477-47317534 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUUUACAUGUGUUCUAGCAAUCCUGCUUUAGCAGCACGUAAAUACUGGAGUCCAUGACUAUAUCUGCACUCUCCAGUAUUACUUUGCUGCUAUAUUAAGAUUGCCAUAAGCUGCACAAGAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUUUACAUGUGUUCUA-- CUGCUU C-| A UCCAUGACU GCAAUC UAGCAGCA GUAA UACUGGAG A CGUUAG AUCGUCGU CAUU AUGACCUC U UAAAAGAACACGUCGAAUAC AAUUAU UU^ - UCACGUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-15-P2c1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUACUGGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-15-P2c1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- CCAGUAUUACUUUGCUGCUAUA -66
Get sequence
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