| MirGeneDB ID | Xla-Mir-15-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-16b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xla-Mir-15-P2b2 Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2b Cli-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030732.1: 111710605-111710664 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b1) |
Mir-15-P2b1
NC_030732.1: 111710605-111710664 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b1 NC_030732.1: 111710768-111710827 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCGCUCCGUUAAUCUAUUUGCUCCGCAUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGGUGAUAUGAUAUGGAGCCCCAGUAUUAUUGUGCUGCUUAAGUGUGGCAAAGAUCUGCACCAGUUUUCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCGCUCCGUUAAUCUA--| UC AUU UA UGAUAUG UUUGC CGC AGCAGCACG AAUAUUGGG A AAACG GUG UCGUCGUGU UUAUGACCC U AGUCUUUUGACCACGUCUAG^ GU AAU UA CGAGGUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-15-P2b1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-15-P2b1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0046477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCCAGUAUUAUUGUGCUGCUUAA -60
Get sequence
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