| MirGeneDB ID | Aca-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-16a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-15-P1b Aca-Mir-15-P1c Aca-Mir-15-P2c Aca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2b Cli-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
3: 13038975-13039038 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b) |
Mir-15-P2b
3: 13038975-13039038 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b 3: 13039125-13039184 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUAAAACAAUUGUUAUACUUGUUCCGCCCUAGCAGCACGUAAAUAUUGGUGUAGUAAAGAUAAUCUUAACCCCAAUAUUGUUGUGCUGCUUAAGCGUGGCAGGGAUUAAGCAACAAUGUUGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUAAAACAAUUGUUAUA--| UC CCU UA U AGUAAAG CUUGU CGC AGCAGCACG AAUAUUGG GU A GGACG GCG UCGUCGUGU UUAUAACC CA U UUGUUGUAACAACGAAUUAG^ GU AAU UG C AUUCUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-15-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-15-P2b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCCAAUAUUGUUGUGCUGCUUAA -64
Get sequence
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