| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-16b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2b Cli-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_8: 57379204-57379268 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b) |
Mir-15-P1b
scaffold_8: 57379064-57379123 [+]
UCSC
Mir-15-P2b scaffold_8: 57379204-57379268 [+] UCSC |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGGAUGGACUGACAUACUUGUUCCACUCUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUAGUGAAAUAAAUAUUAAACACCAAUAUUAUUGUGCUGCUUUAGUGUGACAGGAAUAUAGCAACUAUUUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGGAUGGACUGACAUA--| UC CU UA C AGUGAAAU CUUGU CACU AGCAGCACG AAUAUUGG GU \ GGACA GUGA UCGUCGUGU UUAUAACC CA A ACUAUUUAUCAACGAUAUAA^ GU UU UA A AAUUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-15-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-15-P2b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- ACCAAUAUUAUUGUGCUGCUUUA -65
Get sequence
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