| MirGeneDB ID | Cja-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-15-P1a Cja-Mir-15-P1b Cja-Mir-15-P1c Cja-Mir-15-P1d Cja-Mir-15-P2a Cja-Mir-15-P2c Cja-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cli-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021931.1: 17950682-17950746 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b) |
Mir-15-P2b
CM021931.1: 17950682-17950746 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b CM021931.1: 17950834-17950893 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCGAUGAACUGACAUUCUUGUUCCACUCUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUAGUGAAAUAUAUAUUAAACACCAAUAUUACUGUGCUGCUUUAGUGUGACAGGGAUAUAGCAACUAUUUAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCGAUGAACUGACAU-- UC CU -| A C AGUGAAAU UCUUGU CACU AGCAGCAC GUAA UAUUGG GU \ GGGACA GUGA UCGUCGUG CAUU AUAACC CA A ACUAUUUAUCAACGAUAUA GU UU U^ - A AAUUAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-15-P2b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-15-P2b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- ACCAAUAUUACUGUGCUGCUUUA -65
Get sequence
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