| MirGeneDB ID | Cja-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-15-P1a Cja-Mir-15-P1b Cja-Mir-15-P1d Cja-Mir-15-P2a Cja-Mir-15-P2b Cja-Mir-15-P2c Cja-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 126008803-126008861 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
CM021937.1: 126002103-126002160 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM021937.1: 126002266-126002322 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM021937.1: 126002435-126002491 [-] UCSC Ensembl Mir-542 CM021937.1: 126003574-126003632 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM021937.1: 126008473-126008535 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM021937.1: 126008803-126008861 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCCCCCUUCGUUGACUCCAAGGGGAUACAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAAGUGCUCUAAAUGGUUCAAAACGUGAAGUGCUGCUAUACCCCCUUGUGGGGAAGGAAGAAGGUGGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCCCCCUUCGUUGA- -| A C A GUGCUC CUC CAAGGGG UA AGCAGCA UUCAUGUUUUGAA \ GGG GUUCCCC AU UCGUCGU AAGUGCAAAACUU U UAGGGUGGAAGAAGGAAG U^ C A G GGUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-15-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-15-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAAACGUGAAGUGCUGCUAUA -59
Get sequence
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