| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 53054270-53054327 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c-v1) |
Mir-450-P3
chrX: 53048008-53048065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 53048171-53048227 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 53048304-53048360 [-] UCSC Ensembl Mir-542 chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl Mir-351 chrX: 53053276-53053338 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 53053987-53054049 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v3 chrX: 53054268-53054329 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v2 chrX: 53054269-53054328 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v1 chrX: 53054270-53054327 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-15-P1c-v1 |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCCCACCCUCGUUGACUCCGAAGGGCUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGAGUAUUGCCAAGGUUCAAAACAUGAAGCGCUGCAACACCCCUUCGUGGGGAAUGUAGAAGGUGGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCCCACCCUCGUUGA- -| C CA AA GUAUU CUC CGAAGGG UG GCAGC UUCAUGUUUUGGA G GGG GCUUCCC AC CGUCG AAGUACAAAACUU C AGGGGUGGAAGAUGUAAG U^ C AA CG GGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000548 TargetScanVert: mmu-miR-322-5p miRDB: MIMAT0000548 |
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| Co-mature sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAAACAUGAAGCGCUGCAACA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000549 TargetScanVert: mmu-miR-322-3p miRDB: MIMAT0000549 |
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| Variant | Mmu-Mir-15-P1c-v2 |
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| Seed | AAACAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCCCCACCCUCGUUGACUCCGAAGGGCUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGAGUAUUGCCAAGGUUCAAAACAUGAAGCGCUGCAACACCCCUUCGUGGGGAAUGUAGAAGGUGGGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCCCCACCCUCGUUGA- -| C CA AA AGUAUU CUC CGAAGGG UG GCAGC UUCAUGUUUUGG G GGG GCUUCCC AC CGUCG AAGUACAAAACU C CAGGGGUGGAAGAUGUAAG U^ C AA CG UGGAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGG -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000548 TargetScanVert: mmu-miR-322-5p miRDB: MIMAT0000548 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAAACAUGAAGCGCUGCAACAC -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000549 TargetScanVert: mmu-miR-322-3p miRDB: MIMAT0000549 |
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| Variant | Mmu-Mir-15-P1c-v3 |
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| Seed | AACAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGCCCCCACCCUCGUUGACUCCGAAGGGCUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGAGUAUUGCCAAGGUUCAAAACAUGAAGCGCUGCAACACCCCUUCGUGGGGAAUGUAGAAGGUGGGGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGCCCCCACCCUCGUUGA- -| C CA AA GAGUAUU CUC CGAAGGG UG GCAGC UUCAUGUUUUG G GGG GCUUCCC AC CGUCG AAGUACAAAAC C CCAGGGGUGGAAGAUGUAAG U^ C AA CG UUGGAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000548 TargetScanVert: mmu-miR-322-5p miRDB: MIMAT0000548 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-15-P1c-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAACAUGAAGCGCUGCAACACC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000549 TargetScanVert: mmu-miR-322-3p miRDB: MIMAT0000549 |
