| MirGeneDB ID | Sha-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2c-v1 Sha-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867596.1: 500176-500233 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-15-P2c-v2
GL867596.1: 499969-500031 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c-v1 GL867596.1: 499970-500030 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c GL867596.1: 500176-500233 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAACUCCCCGAGAAUCCUUUAGGAGAAAUAGCAGCACGCCAUGGUUUGUAGAGAUAAGGUGAUGCAAACCAUCGUGGGCUGUUACAUUUUCCUAAAGGGCAUGUCAAUCAAGCCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAACUCCCCGAGAAU- A-| A C GAGAU CCUUUAGGAGAA UAGCAGC CGC AUGGUUUGUA A GGAAAUCCUUUU AUUGUCG GUG UACCAAACGU A GGCCGAACUAACUGUACG AC^ G C AGUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-15-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGCCAUGGUUUGUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-15-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAACCAUCGUGGGCUGUUACA -58
Get sequence
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