| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 108856105-108856163 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
chrX: 108850008-108850065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 108850173-108850229 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 108850343-108850399 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 108850875-108850933 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 108850876-108850932 [-] UCSC Ensembl Mir-12092 chrX: 108854560-108854616 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 108855773-108855835 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 108856105-108856163 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCCCCCCUUCGUUGACUCCGAGGGGAUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAAGUGCUAUGAUUCAUUCAAAACGUGAGGCGCUGCUAUACCCCCUCGCGGGGAAAAUAGAAGGCGGGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GACCCCCCCUUCGUUGA- -| A C AA GUGCUA CUC CGAGGGG UG AGCAGC UUCAUGUUUUGAA \ GGG GCUCCCC AU UCGUCG GAGUGCAAAACUU U GAGGGCGGAAGAUAAAAG C^ C A CG ACUUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-15-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-15-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAAACGUGAGGCGCUGCUAUA -59
Get sequence
|
