| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Ete-Mir-542 Laf-Mir-542 Mmu-Mir-542 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 108850876-108850932 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v2) |
Mir-450-P3
chrX: 108850008-108850065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 108850173-108850229 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 108850343-108850399 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 108850875-108850933 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 108850876-108850932 [-] UCSC Ensembl Mir-12092 chrX: 108854560-108854616 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 108855773-108855835 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 108856105-108856163 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-542-v2 |
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| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUCAUGGGUGCACAGGCCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCGUCUCCACAGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCUCAUGGGUGCACAG- -| AUC GG UCA AUACCA GC CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ CG GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UCCGACACCUCUGCUCAC A^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-542-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-542-v1 |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCUCAUGGGUGCACAGGCCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCGUCUCCACAGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCUCAUGGGUGCACA- -| AUC GG UCA AUACCA GGC CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ CCG GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UUCCGACACCUCUGCUCA A^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-542-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-542-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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