| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-450-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-450a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-450-P1 Ocu-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-450-P2 Cfa-Mir-450-P2 Cja-Mir-450-P2 Cpo-Mir-450-P2 Dno-Mir-450-P2 Eca-Mir-450-P2 Hsa-Mir-450-P2 Laf-Mir-450-P2 Mml-Mir-450-P2 Mmr-Mir-450-P2 Mmu-Mir-450-P2 Pab-Mir-450-P2 Rno-Mir-450-P2a Rno-Mir-450-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 108850173-108850229 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P2) |
Mir-450-P3
chrX: 108850008-108850065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 108850173-108850229 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 108850343-108850399 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 108850875-108850933 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 108850876-108850932 [-] UCSC Ensembl Mir-12092 chrX: 108854560-108854616 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 108855773-108855835 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 108856105-108856163 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAGGAGAUCAAAGAAAGAUGCUAAACUGUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGCACUAUAAUUAUAUUGGGAACAUUUUGCAUGCAUAGUUUUGUAUCAAUAUACAGACAGAAGGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUAGGAGAUCAAAGAAA--| U UUU U GCACU GAUGC AAACUGU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUAUG UUUGAUA ACGUU UACAAGGGUUAUA A UAGGAAGACAGACAUAUAA^ U CGU U UUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-450-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-450-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUGCAU -57
Get sequence
|
