| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-450-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-450a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-450-P1 Cpo-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-450-P2 Cfa-Mir-450-P2 Cja-Mir-450-P2 Dno-Mir-450-P2 Eca-Mir-450-P2 Hsa-Mir-450-P2 Laf-Mir-450-P2 Mml-Mir-450-P2 Mmr-Mir-450-P2 Mmu-Mir-450-P2 Ocu-Mir-450-P2 Pab-Mir-450-P2 Rno-Mir-450-P2a Rno-Mir-450-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P2) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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| Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAGUGAUUGAAGAAAGAUGCUAAACUGUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUACUAUAAAUAUAUUGGGAGCAUUUUGCAUGCAUAGUUUUGCAUCAAUAUACAGACAAAAAGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAAGUGAUUGAAGAAA--| U UUU U GUACU GAUGC AAACUGU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUACG UUUGAUA ACGUU UACGAGGGUUAUA A UAGAAAAACAGACAUAUAA^ U CGU U UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-450-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-450-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUUGGGAGCAUUUUGCAUGCAU -57
Get sequence
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