| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGUCAAGAAUGCAAAGACCUCAGACGUUUCGGGGAUCAUCAUGUCACCAGAUACCAUUGUGCGCUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCACAGCCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGGUCAAGAAUGCAAAGAC--| G GG UCA C AUACCA CUCAGAC UUUCGG AUCA UGUCAC AG \ GGGUCUG AAAGUC UAGU ACAGUG UC U UACCGACACUUCUACUCACCGA^ G AA UAG U GCGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-542_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACCAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-542_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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