| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 105178359-105178417 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v1) |
Mir-450-P3
chrX: 105177287-105177344 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 105177456-105177512 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 105177590-105177646 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 105178359-105178417 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 105178360-105178416 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 105183139-105183201 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 105183436-105183494 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-542-v1 |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGUCACAGAUGCGCAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCAUAGCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGUCACAGAUGCGCAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UAACGAUACUUCUACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-542-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-542-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-542 miRDB: MIMAT0006747 |
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| Variant | Cfa-Mir-542-v2 |
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| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGUCACAGAUGCGCAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCAUAGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGUCACAGAUGCGCAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C AACGAUACUUCUACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-542-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-542 miRDB: MIMAT0006747 |
