| MirGeneDB ID | Ete-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980394: 620285-620341 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-15-P1c
JH980394: 616129-616187 [+]
UCSC
Mir-15-P2c JH980394: 616314-616372 [+] UCSC Mir-542 JH980394: 620285-620341 [+] UCSC |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUCAUUGGCAAUCCAGACCUUAGGCAUUUCGGGGAUCCCUGUCAUGGGAUACCACUGCAUACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUUUAGGGCCUCUUGGUCUCCUAGUAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCUCAUUGGCAAUCCA-- A A GG C--| UG AUACCA G CCUUAGGC UUUCGG AUC CUGUCA GG \ C GGGAUUUG AAAGUC UAG GACAGU UC C CCAAUGAUCCUCUGGUUCU C G AA UUA^ GU AUACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-542_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCCCUGUCAUGGG -20
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-542_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -57
Get sequence
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