| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 64871640-64871698 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v1) |
Mir-450-P3
CM007693.1: 64870489-64870546 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM007693.1: 64870652-64870708 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM007693.1: 64870824-64870880 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 CM007693.1: 64871640-64871698 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 CM007693.1: 64871641-64871697 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM007693.1: 64876566-64876628 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM007693.1: 64876908-64876966 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmr-Mir-542-v1 |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAACGUCUGAGAGCCACUCACCUUCAGAGCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGUCAAGGAUGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GAGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C CAACGAGACUUCCACUCACCGA^ CAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-542-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-542-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0049224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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| Variant | Mmr-Mir-542-v2 |
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| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAACGUCUGAGAGCCACUCACCUUCAGAGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGUCAAGGAUGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GAGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C AACGAGACUUCCACUCACCGA^ CAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-542-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0049224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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