| MirGeneDB ID | Laf-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4458476-4458534 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
GL010127.1: 4457296-4457353 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 GL010127.1: 4457461-4457517 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 GL010127.1: 4457641-4457697 [-] UCSC Ensembl Mir-542 GL010127.1: 4458476-4458534 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c GL010127.1: 4463094-4463154 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c GL010127.1: 4463334-4463392 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUUUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCGUAGCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGUCAAGGAUGCACAGAC--| A GG UCA AUACCA CUCAGAC UUUCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AAAGUC UAGU ACAGUGUUC C UAACGAUGCUUCUACUCACCGA^ G AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-542_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-542_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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