| MirGeneDB ID | Laf-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4463094-4463154 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-450-P3
GL010127.1: 4457296-4457353 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 GL010127.1: 4457461-4457517 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 GL010127.1: 4457641-4457697 [-] UCSC Ensembl Mir-542 GL010127.1: 4458476-4458534 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c GL010127.1: 4463094-4463154 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c GL010127.1: 4463334-4463392 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGGCGCGGGCCCGCUCUCAGCCGUGCCCUAGCAGCGGGAACAGUACUGCAGCGGGCGCUCGGCUCUGGAGUAUUGUUGCCGCUGCCCGGGCAAGGCUGGGACUCUGCACAGGCCGCCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGGCGCGGGCCCGCU--| G UA G G CGGGCG CUCAGCC UGCCC GCAGCGG AACAGUACU CAG \ GGGUCGG ACGGG CGUCGCC UUGUUAUGA GUC C GCCCGCCGGACACGUCUCA^ A CC G G UCGGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-15-P2c_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCGGGAACAGUACUGCAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-15-P2c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GGAGUAUUGUUGCCGCUGCCCGG -61
Get sequence
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