MirGeneDB ID | Xla-Mir-15-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-16c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xla-Mir-15-P2c1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Dre-Mir-15-P2c-v2 Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mdo-Mir-15-P2c-v2 Mml-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Sha-Mir-15-P2c-v1 Sha-Mir-15-P2c-v2 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 74871038-74871103 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c2) |
Mir-15-P2c2
NC_030739.1: 74871038-74871103 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1c2 NC_030739.1: 74872534-74872591 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACUUCUCACAUGUUCUAGCAAUCUUGCUUUAGCAGCACGUAAAUACUGGAGUUCAUCACCAUAUCUGCACUCUCCAGUAUUACUUUGCUGCUAUAUUACGAUUGCCAUACGAUUCACAUGUUCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AACUUCUCACAUGUUCUA-- UUGCUU C-| A UUCAUCACC GCAAUC UAGCAGCA GUAA UACUGGAG A CGUUAG AUCGUCGU CAUU AUGACCUC U AUCUUGUACACUUAGCAUAC CAUUAU UU^ - UCACGUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-15-P2c2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUACUGGAG -22
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-15-P2c2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- CCAGUAUUACUUUGCUGCUAUA -66
Get sequence
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