MirGeneDB ID | Xla-Mir-15-P1b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xla-Mir-15-P1b2 Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030732.1: 111710768-111710827 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b1) |
Mir-15-P2b1
NC_030732.1: 111710605-111710664 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b1 NC_030732.1: 111710768-111710827 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAUUGUUGUUGAAUGUCCUAAAGAAGUGUAGCAGCACAUCAUGAUUUGCAUGCUGUAUCAGAGAUUCUAAUCAUUAUUUGCUGCUUCAUUAUAUUGGGGAAAAUCUAUCGACUUGUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAAUUGUUGUUGAAUG--| AGA U C C UGCAUGCUGU UCCUAA AGUG AGCAGCA AU AUGAUU A GGGGUU UUAC UCGUCGU UA UACUAA U CGUGUUCAGCUAUCUAAAA^ AUA U U U UCUUAGAGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-15-P1b1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGAUUUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Xla-Mir-15-P1b1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUAAUCAUUAUUUGCUGCUUCA -60
Get sequence
|