| MirGeneDB ID | Cli-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-16b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dno-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold72: 3554294-3554358 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-15-P2c
scaffold72: 3554294-3554358 [-]
Mir-15-P1c scaffold72: 3554771-3554828 [-] |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUGGGAUGCAGAGCUGUCAGCAGUGCUCUAGCAGCACGUAAAUACUGGAGUUUAGGAUUGCCUGUUGCUCUCCAGUAUUGCAUUGCUGCUUUAGUGAGGCUGGAAAUCGGUCCCUGCCGCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CACUGGGAUGCAGAGCUG--| AG CU CGUA UUUAGGAUU UCAGC UGCU AGCAGCA AAUACUGGAG \ GGUCG GUGA UCGUCGU UUAUGACCUC G GGACGCCGUCCCUGGCUAAA^ GA UU UACG UCGUUGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-15-P2c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUACUGGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-15-P2c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038420 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CCAGUAUUGCAUUGCUGCUUUA -65
Get sequence
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