| MirGeneDB ID | Dno-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2c Bta-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2c Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2c Cli-Mir-15-P2c Cmi-Mir-15-P2c Cpi-Mir-15-P2c Cpo-Mir-15-P2c Dre-Mir-15-P2c-v1 Eca-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2c Gga-Mir-15-P2c Gja-Mir-15-P2c Hsa-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2c Lch-Mir-15-P2c Loc-Mir-15-P2c Mdo-Mir-15-P2c-v1 Mml-Mir-15-P2c Mmr-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2c Mun-Mir-15-P2c Neu-Mir-15-P2c-v1 Oan-Mir-15-P2c Ocu-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2c Pbv-Mir-15-P2c Rno-Mir-15-P2c3 Rno-Mir-15-P2c4 Sha-Mir-15-P2c-v1 Spt-Mir-15-P2c Tgu-Mir-15-P2c Xla-Mir-15-P2c1 Xla-Mir-15-P2c2 Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH573198: 462819-462881 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2c) |
Mir-15-P1c
JH573198: 462451-462509 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c JH573198: 462819-462881 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v1 JH573198: 468016-468075 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v2 JH573198: 468017-468074 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P1 JH573198: 468836-468892 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P2 JH573198: 468989-469045 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P3 JH573198: 469158-469215 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACACGGUGCCCCGCACUCAGCCGUGCCCUAGCAGCGGGAACAGUACUGCAGCAGGUGAUUGGUGCUCUGGGGUAUUGUUCCUGCUGCCUGGGCAAGACUGGGACUCCCGCACGGGCCCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGACACGGUGCCCCGCA--| CCG UA G CAGGUGA CUCAG UGCCC GCAGCGGGAACAGUACU CAG \ GGGUC ACGGG CGUCGUCCUUGUUAUGG GUC U CCACCCGGGCACGCCCUCA^ AGA UC G UCGUGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-15-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCGGGAACAGUACUGCAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-15-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GGGGUAUUGUUCCUGCUGCCUGG -63
Get sequence
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