| MirGeneDB ID | Dno-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Ete-Mir-542 Laf-Mir-542 Mmu-Mir-542 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH573198: 468017-468074 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v2) |
Mir-15-P1c
JH573198: 462451-462509 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c JH573198: 462819-462881 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v1 JH573198: 468016-468075 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v2 JH573198: 468017-468074 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P1 JH573198: 468836-468892 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P2 JH573198: 468989-469045 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P3 JH573198: 469158-469215 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dno-Mir-542-v2 |
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| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCUCAAGAAGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGAGAGCCACUCACCUUCAUAGCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGCUCAAGAAGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCC CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG A GAGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UACGAUACUUCCACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-542-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -58
Get sequence
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| Variant | Dno-Mir-542-v1 |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCUCAAGAAGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGAGAGCCACUCACCUUCAUAGCAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCUCAAGAAGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCC CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG A GAGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UUACGAUACUUCCACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dno-Mir-542-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dno-Mir-542-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -60
Get sequence
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