| MirGeneDB ID | Laf-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P1a Bta-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1a Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1a Cli-Mir-15-P1a Cmi-Mir-15-P1a Cpi-Mir-15-P1a Cpo-Mir-15-P1a Dno-Mir-15-P1a Dre-Mir-15-P1a1 Dre-Mir-15-P1a2 Eca-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1a Gga-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1a Gmo-Mir-15-P1a2 Hsa-Mir-15-P1a Lch-Mir-15-P1a Loc-Mir-15-P1a Mal-Mir-15-P1a2 Mdo-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1a Mmr-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1a Mun-Mir-15-P1a Neu-Mir-15-P1a Oan-Mir-15-P1a Ocu-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1a Rno-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1a Spt-Mir-15-P1a Sto-Mir-15-P1a Tgu-Mir-15-P1a Tni-Mir-15-P1a2 Xla-Mir-15-P1a3 Xla-Mir-15-P1a4 Xtr-Mir-15-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010050.1: 31640611-31640670 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1a) |
Mir-3613
GL010050.1: 31596801-31596859 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a GL010050.1: 31640465-31640529 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1a GL010050.1: 31640611-31640670 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUCUAAAAACCAAAACCUUGGAGUAAAGUAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGAUUUUUGAAAAGGUGCAGGCCAUGUUGUGCUGCCUCAGAAAUACAAGGGUCUGAUCUUCUGAAGAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUCUAAAAACCAAAA--| GAGUAAAGUA UA GGAUUUU CCUUG GCAGCACA AUGGUUUGU U GGAAC CGUCGUGU UACCGGACG G AGAGAAGUCUUCUAGUCUG^ AUAAAGACUC UG UGGAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Laf-Mir-15-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Laf-Mir-15-P1a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGGCCAUGUUGUGCUGCCUCA -60
Get sequence
|
