MirGeneDB ID | Cpo-Mir-450-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-450a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-450-P2 Cpo-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-450-P1 Cfa-Mir-450-P1 Dno-Mir-450-P1 Hsa-Mir-450-P1 Mml-Mir-450-P1 Mmu-Mir-450-P1 Ocu-Mir-450-P1 Rno-Mir-450-P1a Rno-Mir-450-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P1) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAACAAAGAAAAAAUGAUGCUAAACUAUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUAAUAUGAAUGUAUUGGGAACAUUUUGCAUUCAUAGUUUUGUGUCAAUAAUAUGCAGAAAGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAAACAAAGAAAAAAU--| U UUU U GUAAU GAUGC AAACUAU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUGUG UUUGAUA ACGUU UACAAGGGUUAUG A CCGGAAAGACGUAUAAUAA^ U CUU U UAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-450-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-450-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUUCAU -57
Get sequence
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