| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-15c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-15-P1a Xtr-Mir-15-P1b Xtr-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2b Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr8: 47368668-47368725 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-15-P2c
chr8: 47366675-47366740 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1c chr8: 47368668-47368725 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUACUACAUUUUAGAUGCUUUGAGGUGAUCUAGCAGCACAUCAUGGUUUGUAGAAACAAGGAGAUACAGACCAUUCUGAGCUGCCUCUUGACCUCAGAGAAAAGCCAAAGAACCCUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUACUACAUUUUAGAUG--| GAUCUA A UC GAAAC CUUUGAGGU GCAGC CA AUGGUUUGUA A GAGACUCCA CGUCG GU UACCAGACAU A GUUCCCAAGAAACCGAAAA^ GUUCUC A CU AGAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xtr-Mir-15-P1c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGGUUUGUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-15c |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xtr-Mir-15-P1c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGACCAUUCUGAGCUGCCUCU -58
Get sequence
|
