| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-195a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Ami-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cfa-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2d Cpo-Mir-15-P2d Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Eca-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Gja-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Laf-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmr-Mir-15-P2d Neu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Pab-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 70235062-70235122 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2d) |
Mir-15-P1d
chr11: 70234730-70234791 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2d chr11: 70235062-70235122 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGUUGCCCACACCCAACUCUCCUGGCUCUAGCAGCACAGAAAUAUUGGCAUGGGGAAGUGAGUCUGCCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCCAGGCAGGGUGGUGAGAGCUACUGAGAAGGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUUGCCCACACCCA-- CU G CU A-| UGGGGA ACU CCUG CU AGCAGCACAG AAUAUUGGCA A UGG GGAC GA UCGUCGUGUC UUAUAACCGU G GGGGAAGAGUCAUCGAGAG UG G CC GG^ CUGAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-15-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAGAAAUAUUGGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000225 TargetScanVert: mmu-miR-195a-5p miRDB: MIMAT0000225 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-15-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCCA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-195a-3p miRDB: MIMAT0017000 |
