| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Ami-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Cpo-Mir-15-P2d Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Gja-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr5: 32045450-32045510 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2d) |
Mir-15-P2d
chr5: 32045450-32045510 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1d chr5: 32045764-32045825 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUUGCCCACACCCAGCUCCCCUGGCUCUAGCAGCACAGAAAUAUUGGCACUGGGAAGAGAGUCUGCCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCUAGGCAGGGUGGUGAGCACUGCGAGGAGGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUUGCCCACACCCA-- UC G CU A-| CUGGGA GC CCCUG CU AGCAGCACAG AAUAUUGGCA A UG GGGAC GA UCGUCGUGUC UUAUAACCGU G CGGGGAGGAGCGUCACGAG GU G UC GG^ CUGAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-15-P2d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAGAAAUAUUGGCA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-195 miRDB: MIMAT0006692 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-15-P2d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCAAUAUUGGCUGUGCUGCUCUA -61
Get sequence
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