MirGeneDB ID | Cfa-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-15-P1a Cfa-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2c Cfa-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cpo-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr5: 32045764-32045825 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P2d
chr5: 32045450-32045510 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1d chr5: 32045764-32045825 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCAGCCCACCCCAGUCCUGCUCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGUACUGUGGCCACGUCCAGACCACACUGUGGUGUUAGGGUGAGGGUGGGGGAGGCACCGCUGAGGCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCAGCCCACCCCAGU--| UG C C G C U GGUACU CC CUC CGCCC AGCA CACA UGUGGUUUG AC G GG GGG GUGGG UUGU GUGU ACACCAGAC UG U UUCGGAGUCGCCACGGAGG^ GU A A G C C CACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-15-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUAC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-497 miRDB: MIMAT0006691 |
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Star sequence | Cfa-Mir-15-P1d_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CCAGACCACACUGUGGUGUUAGG -62
Get sequence
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