| MirGeneDB ID | Gja-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-15-P1a Gja-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2d Ami-Mir-15-P2d Bta-Mir-15-P2d Cfa-Mir-15-P2d Cin-Mir-15-P2 Cpo-Mir-15-P2d Dno-Mir-15-P2d Dre-Mir-15-P2d Ete-Mir-15-P2d Hsa-Mir-15-P2d Loc-Mir-15-P2d Mal-Mir-15-P2d Mdo-Mir-15-P2d Mml-Mir-15-P2d Mmu-Mir-15-P2d Oan-Mir-15-P2d Ocu-Mir-15-P2d Rno-Mir-15-P2d Sha-Mir-15-P2d Sto-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015177030.1: 45293-45357 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGGGGGGCAGGCAGCGCGGGCACCUGUCUAGCAGCACAUCAAUACUGGCACUGCCCCGCCCCGCUGGCCGCCAGUCUUCCUUGUGCUGCUCCAGGGGGGCUUGGCCUGAACAGCGGGAGUCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGGGGGGCAGGCAGCG-- A-| GUCU UC- U ACUGCCCCG CGGGC CCU AGCAGCACA AA ACUGGC C GUUCG GGG UCGUCGUGU UU UGACCG C ACCUGAGGGCGACAAGUCCG GG^ ACC- UCC C CCGGUCGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-15-P2d_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAAUACUGGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-15-P2d_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCAGUCUUCCUUGUGCUGCUCCA -65
Get sequence
|
