| MirGeneDB ID | Pab-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2a Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2a Cmi-Mir-15-P2a Cpi-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2a Dre-Mir-15-P2a1 Dre-Mir-15-P2a2 Eca-Mir-15-P2a Ete-Mir-15-P2a Gga-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2a Gmo-Mir-15-P2a2 Hsa-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2a Lch-Mir-15-P2a Loc-Mir-15-P2a Mal-Mir-15-P2a2 Mdo-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2a Mun-Mir-15-P2a Neu-Mir-15-P2a Oan-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2a Pbv-Mir-15-P2a Rno-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2a Spt-Mir-15-P2a Sto-Mir-15-P2a Tgu-Mir-15-P2a Tni-Mir-15-P2a2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xtr-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054693.2: 55031441-55031505 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2a) |
Mir-15-P2a
CM054693.2: 55031441-55031505 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1a CM054693.2: 55031587-55031645 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUUACGAUAGCAAUGUCAGCAGUGCCUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUUAAGAUUCUAAAAUUAUCUCCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAAGUAAGGUUGACCAUACUCUACAGUUGUGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUUACGAUAGCAAU-- AG C -| A CGUUAAGAUU GUCAGC UGC UUAGCAGCAC GU AAUAUUGG C CAGUUG AUG AGUCGUCGUG CA UUAUGACC U UUGUGUUGACAUCUCAUAC GA A U^ A UCUAUUAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-15-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-15-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAA -65
Get sequence
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