| MirGeneDB ID | Mal-Mir-15-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-15-P1a2 Mal-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2a Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2a Cmi-Mir-15-P2a Cpi-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2a Dre-Mir-15-P2a2 Eca-Mir-15-P2a Ete-Mir-15-P2a Gga-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2a Gmo-Mir-15-P2a2 Hsa-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2a Lch-Mir-15-P2a Loc-Mir-15-P2a Mdo-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2a Mun-Mir-15-P2a Neu-Mir-15-P2a Oan-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2a Pbv-Mir-15-P2a Rno-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2a Spt-Mir-15-P2a Sto-Mir-15-P2a Tgu-Mir-15-P2a Tni-Mir-15-P2a2 Xtr-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884787.1: 2303226-2303289 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2a2) |
Mir-15-P1a2
KV884787.1: 2302995-2303053 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a2 KV884787.1: 2303226-2303289 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUGUUCUCAUCUGCUGGUCACUUUACUGUAGCAGCACGUAAAUAUUGGAGUUAAGACUAAGUGAAGCCUCCAGUAUUGAUCGUGCUGCUGAAGCAAAGCUGACCACUCAGUCUUUGCAACUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUGUUCUCAUCUGCU- - A G UA-| UUAAGACU GGUCA CUUU CU UAGCAGCACG AAUAUUGGAG \ CCAGU GAAA GA GUCGUCGUGC UUAUGACCUC A AUCAACGUUUCUGACUCA C C A UAG^ CGAAGUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-15-P2a2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-15-P2a2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCAGUAUUGAUCGUGCUGCUGAA -64
Get sequence
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