| MirGeneDB ID | Hru-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bko-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gpa-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pca-Mir-12-P12 Pca-Mir-12-P13 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 Tur-Mir-12-P14 Tur-Mir-12-P15 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000003.1: 15756156-15756212 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-216-P1
JALGQA010000003.1: 15754732-15754788 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2d JALGQA010000003.1: 15755123-15755181 [+] UCSC Ensembl Mir-12 JALGQA010000003.1: 15756156-15756212 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCAUGAGCUAAGUUGGAUGUACAAACCAUGAGUAUUACAUCAGGUACUGAAGGGAUGAGUGUCAGUACCUUUUGUGAUAUUCGUAGUUUGUAUGUCAGCAGCAGCAGCACCGUGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCAUGAGCUAAGUUG--| C UC AGGGA GAUGUACAAAC AUGAGUAUUACA AGGUACUGA \ CUGUAUGUUUG UGCUUAUAGUGU UCCAUGACU U UGUGCCACGACGACGACGA^ A UU GUGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hru-Mir-12_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hru-Mir-12_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AGUACCUUUUGUGAUAUUCGUA -57
Get sequence
|
