MirGeneDB ID | Bpl-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rotifer (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Esc-Mir-12 Hme-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000141.1: 556006-556066 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUACACACAGCAAAAAGCGAGAUACAUUGAGUAUUACAUCAGGUAUUGAAUGGUUUUUCAAUUUUCAGUAUCUAUGUAAAUACUCACUCUACCUGCUUUUAGACAUUUCAUCUAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUACACACAGCAAA---| G A CAU - C UGGUUU AAGC AG UA UGAGUAUU ACAU AGGUAUUGAA \ UUCG UC AU ACUCAUAA UGUA UCUAUGACUU U AAAAAUCUACUUUACAGAUU^ - C CUC A - UUAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bpl-Mir-12_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUAUUGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Bpl-Mir-12_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAGUAUCUAUGUAAAUACUCACU -61
Get sequence
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