| MirGeneDB ID | Bko-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gpa-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Hru-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pca-Mir-12-P12 Pca-Mir-12-P13 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 Tur-Mir-12-P14 Tur-Mir-12-P15 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000114.1: 1223532-1223592 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-12
PJRA01000114.1: 1223532-1223592 [-]
Ensembl
Mir-216-P2 PJRA01000114.1: 1223645-1223709 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUUUUUCAGCAUUAUAUUGCAGGAUAUACUGAGUAUUACAUCAGGUAUUGAAUAGUUAUUUAAUUUUCAGUAUCUAUGCAAAUACUCACUCUACCUGCUUUUAGACAUUAAAACUAGUAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUUUUUCAGCAUUAUAUU---| A UAC A- C UAGUUA GCAGG UA UGAGUAUU CAU AGGUAUUGAA \ CGUCC AU ACUCAUAA GUA UCUAUGACUU U AAUGAUCAAAAUUACAGAUUUU^ - CUC AC - UUAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bko-Mir-12_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUAUUGAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bko-Mir-12_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUAUCUAUGCAAAUACUCACU -61
Get sequence
|
