| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bko-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Hru-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pca-Mir-12-P12 Pca-Mir-12-P13 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 Tur-Mir-12-P14 Tur-Mir-12-P15 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold19: 1474288-1474372 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-216-P1
Scaffold19: 1470953-1471009 [+]
Ensembl
Mir-12 Scaffold19: 1474288-1474372 [+] Ensembl |
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| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUAUUUUUUUGAAUGCAUUUUACUGGCAGAGUAUUACUUAGGUACUGGUGUGACUUUGUAAGAAAAUUUUCUUUCGAGAAUAACAACAGCCAGUACUUAUGUCAUACUGUCCUAGUUUGAAAUGCUCUGGCAACAGUCAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AGAAUAUUUUUUUGAAUG --| CAG U U GUGACUUUGUAAGAAAAUU CAUUUU ACUGG AGUAU AC UAGGUACUGGU \ GUAAAG UGAUC UCAUA UG AUUCAUGACCG U AUAACUGACAACGGUCUC UU^ CUG C U ACAACAAUAAGAGCUUUCU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gpa-Mir-12_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGUAUUACUUAGGUACUGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Gpa-Mir-12_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
63- CAGUACUUAUGUCAUACUGUCC -85
Get sequence
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