| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Aga-Mir-12 Agr-Mir-12 Ava-Mir-12 Bge-Mir-12 Bko-Mir-12 Bpl-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dgr-Mir-12 Dlo-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dsi-Mir-12 Eba-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Egr-Mir-12 Esc-Mir-12 Gpa-Mir-12 Gsp-Mir-12 Hme-Mir-12 Hru-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lhy-Mir-12 Llo-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Mgi-Mir-12 Mom-Mir-12 Npo-Mir-12 Ofu-Mir-12 Ovu-Mir-12 Pau-Mir-12 Pca-Mir-12-P12 Pca-Mir-12-P13 Pcr-Mir-12 Pdu-Mir-12 Pve-Mir-12 Rph-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Snu-Mir-12 Tca-Mir-12 Tur-Mir-12-P14 Tur-Mir-12-P15 War-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_1: 1847845-1847905 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-12
DAPPUscaffold_1: 1847845-1847905 [-]
Ensembl
Mir-216-P2 DAPPUscaffold_1: 1848248-1848369 [-] Ensembl Mir-216-P1 DAPPUscaffold_1: 1848726-1848812 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUAUGCUCGAUUUUGGUGUUUCCGUCCGUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUUGUAUGUGCAUGAUACCAGUACCAUUGUAACACUCUCAACGGUCAACAUUUCUGUCAACAUUUCUCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAUAUGCUCGAUUUUG-- U-| CCGU A UCA UGUAUG GUGUU CCGU GAGU UUACA GGUACUGGU U UACAA GGCA CUCA AAUGU CCAUGACCA G GUCUCUUUACAACUGUCUU CU^ ACU- C UA- UAGUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dpu-Mir-12_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Dpu-Mir-12_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUACCAUUGUAACACUCUCA -61
Get sequence
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