MirGeneDB ID | Cte-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Esc-Mir-12 Hme-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_192: 33843-33902 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-12
CAPTEscaffold_192: 33843-33902 [-]
Ensembl
Mir-216-P2d CAPTEscaffold_192: 33996-34066 [-] Ensembl Mir-216-P1 CAPTEscaffold_192: 34362-34430 [-] Ensembl Mir-216-P2c CAPTEscaffold_192: 34755-34815 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCGUUUGGUGGAAGUGGCGGUCAGAGCCUGAGUAUUACAUCAGGUACUGAGUACAAGCACGAAAUCAGGGCCUGCUGAAAUACUCGCUCUCUGUCAGCACUAAUCAACUAACAAGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUCGUUUGGUGGAAGUG--| GGU CC A U UA GUACAA GC CAGAG UGAGUAUU CA CAGG CUGA G CG GUCUC GCUCAUAA GU GUCC GACU C UCUGAACAAUCAACUAAUCA^ ACU UC A C GG AAAGCA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cte-Mir-12_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUAUUACAUCAGGUACUGA -22
Get sequence
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Star sequence | Cte-Mir-12_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AGGGCCUGCUGAAAUACUCGCU -60
Get sequence
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