| MirGeneDB ID | Cte-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-216a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2c Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Dan-Mir-216-P2 Dgr-Mir-216-P2c Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Eba-Mir-216-P2c Efe-Mir-216-P2c Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Lhy-Mir-216-P2c Llo-Mir-216-P2c Mom-Mir-216-P2c Npo-Mir-216-P2c Obi-Mir-216-P2c Ofu-Mir-216-P2c Ovu-Mir-216-P2c Pau-Mir-216-P2c Pca-Mir-216-P2 Snu-Mir-216-P2c Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 War-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_192: 34755-34815 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2c) |
Mir-12
CAPTEscaffold_192: 33844-33902 [-]
Ensembl
Mir-216-P2d CAPTEscaffold_192: 33996-34066 [-] Ensembl Mir-216-P1 CAPTEscaffold_192: 34362-34430 [-] Ensembl Mir-216-P2c CAPTEscaffold_192: 34755-34815 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGCUGCCGCCUCCUAGUGACUAAUUGUCUAAUCUCAGUUGGUAAUUCAGAGUGCUGGAAUUCGUUCUCGGAUUAACAGCUGGGAUCGGACAAAUAACACACUAACAUCUACACCACAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGCUGCCGCCUCCUA---| AC A UA G A UGCUGG GUG UA UUGUC AUCUCAGUUG UAAUUC GAG A CAC AU AACAG UAGGGUCGAC AUUAGG CUC A AAACACCACAUCUACAAUCA^ A- A GC A - UUGCUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cte-Mir-216-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGUUGGUAAUUCAGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cte-Mir-216-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CGGAUUAACAGCUGGGAUCGGA -61
Get sequence
|
