| MirGeneDB ID | Pau-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pau-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2c Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2c Dan-Mir-216-P2 Dgr-Mir-216-P2c Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Eba-Mir-216-P2c Efe-Mir-216-P2c Hme-Mir-216-P2 Isc-Mir-216-P2 Lhy-Mir-216-P2c Llo-Mir-216-P2c Mom-Mir-216-P2c Npo-Mir-216-P2c Obi-Mir-216-P2c Ofu-Mir-216-P2c Ovu-Mir-216-P2c Pca-Mir-216-P2 Snu-Mir-216-P2c Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 War-Mir-216-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000005.1: 1647492-1647553 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2c) |
Mir-12
NMRA01000005.1: 1646308-1646364 [-]
Ensembl
Mir-216-P2d NMRA01000005.1: 1646720-1646777 [-] Ensembl Mir-216-P1 NMRA01000005.1: 1647169-1647225 [-] Ensembl Mir-216-P2c NMRA01000005.1: 1647492-1647553 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGCUAAUGUCAUACCGUAGCAGUGGUUUAAUCUCAGCUGGUAAUUGCGAGUUGUUCUUUGUAUCCUCCUGAUUAUCAGCCGAGGUUUCACCAAUGCAUGCCAACUAACUACUAACCAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUGCUAAUGUCAUACC- -| G UU A C UUGUUC GUA GCA UGGU AAUCUC GCUGGUAAUUG GAG U CGU CGU ACCA UUGGAG CGACUAUUAGU CUC U CAACCAAUCAUCAAUCAAC A^ A CU C C CUAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pau-Mir-216-P2c_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAUUGCGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pau-Mir-216-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCUGAUUAUCAGCCGAGGUUUCA -62
Get sequence
|
